Les couleurs de base
Les principales robes de base: le gène Extension
Le gène Extension chez la vache possède trois allèles principaux et deux rares (un uniquement chez la Holstein, un chez les Aubrac et les Gasconnes), qui déterminent les robes de base de la vache.
ED est le plus dominant, homozygote ou hétérozygote il produit la robe noire. En l'absence de gènes de dilution ou de motifs pie ou rouan, la vache est uniformément d'un noir soutenu.
Le gène e est le plus récessif, il produit à l'état homozygote ee, en l'abscence de gènes de dilution ou de motifs, une vache d'un rouge soutenu pouvant aller jusqu'à l'acajou.
E+ est considéré comme l'allèle sauvage (primitif). Il s'exprime sur les vaches E+E+ ou E+e, leur couleur varie avec l'influence d'autres gènes, rouge, rouge avec des zones noires, brun foncé.
La robe noire
La robe noire est produite par l'action de l'allèle ED (génotypes EDED, EDE+, EDe). On rencontre cette robe chez les Angus (robe noire uniforme), et chez les vaches pie noir (Bretonne, Frisonne, Holstein, Vosgienne...). En présence du gène rouan, on obtient la robe "bleue", et divers gènes de dilutions donnent des nuances de gris allant du presque blanc à l'anthracite. Le croisement d'une vache pie noir avec un taureau Charolais donne des veaux gris, par exemple.
La robe rouge
Produite par l'allèle récessif e du gène extension (génotype ee), la robe rouge est la robe de base des Salers, des Limousines, des Blonde d'Aquitaine (avec un gène de dilution), des Charolais (avec un gène qui est propre à la race et dilue complètement le pigment rouge), mais aussi des pie rouge (Montbéliarde, Maine Anjou, Abondance, Simmenthal, Fleckvieh, Hereford...). Les holstein peuvent être rouges également, elles sont appréciées en climat chaud car la robe rouge est moins sensible à la chaleur que la noire. Les vaches rouges ee ont les muqueuses roses et parfois le bout de la queue plus clair.
Le rouge "sauvage"
Ainsi appelée parce que c'était la couleur des aurochs, ancêtres des vaches domestiques occidentales, le rouge "sauvage" va du rouge avec un peu de noir autour du museau ou au bout de la queue au brun presque noir (mais généralement avec un anneau clair autour du museau, ou des poils roussâtres au sommet du crâne). C'est la robe notamment des Normandes, des Flamandes, des Tarentaises, des Cabannina, mais c'est aussi la robe de certaines vaches jaunes (Aubrac, Parthenaise, Jersiaise), Brunes (Brune des Alpes, Brune de l'Atlas), rouannes (certains Blanc Bleu Belge), Blanches ou grises (Chianina, Marchigiana, Piemontese, Gasconne). Souvent les femelles sont rouges alors que les mâles présentent beaucoup plus de zones sombres, notamment sur la tête, l'encolure et le poitrail. Dans certaines races, par exemple Highland Cattle, il n'y a pas de différences visuelles entre E+/- et ee.
Une variante de ce gène, l'allèle E1 a été trouvée dans les races Aubrac et Gasconne (les vaches sont E+E1, E+E+ ou E1E1). Chez l'Aubrac c'est l'allèle majoritaire, chez la Gasconne E+ prédomine. L'hypothèse a été émise que les vaches porteuses de E1 seraient plus claires que les autres, mais globalement l'apparence est la même avec les deux allèles.
La Holstein rouge/noire
L'allèle EBr présent uniquement chez les Holstein, appelé aussi Telstar du nom du premier animal à présenter la mutation, donne un veau qui nait rouge et change de couleur a la première mue pour donner un taureau noir ou une vache rouge foncé avec des zones noires.
Le rouge dominant
C'est un gène indépendant du gène extension, épistatique sur celui-ci, qui permet à la vache d'être de couleur rouge même si son génotype est ED-. Il est appelé COPA et n'existe que chez les Holstein et leurs croisements.
Le noir récessif
la forme récessive du gène agouti, a, donne des vaches noires avec le génotype E+- (pas d'effet avec ee ou ED-). C'est une forme beaucoup plus rare de noir que le noir dominant chez la vache, contrairement à ce qu'on a pour le cheval.